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5′/3′-RACE-PCR

  • J. Arnemann
Living reference work entry
Part of the Springer Reference Medizin book series (SRM)

Zusammenfassung

5/3-RACE-PCR

Englischer Begriff

5/3-RACE-PCR; rapid amplification of cDNA ends

Definition

RACE-PCR ist eine Sonderform der PCR zur „Rapid Amplification of cDNA Ends“, die eingesetzt wird, um bei unbekannten, oftmals unvollständigen mRNA-Transkripten bzw. cDNAs das fehlende 5′- aber auch 3′-Ende zu identifizieren.

Beschreibung

Bei der 5′-RACE-PCR geht man von der bekannten Teilsequenz der cDNA aus und synthetisiert einen Antisense-Primer, den man in eine unidirektionale PCR (Polymerase-Kettenreaktion) mit der cDNA einsetzt, um das 5′-Ende als DNA-Strang zu synthetisieren. Durch Einsatz des Enzyms TdT („terminale deoxynucleotidyl transferase“) und entsprechenden Nukleotiden wird dem 5′-Ende ein Homopolymer-Ende, z. B. Poly(G), angefügt. Im nächste Schritt wird eine PCR-Reaktion mit einem Antisense-Primer, der in der bekannten cDNA-Sequenz etwas weiter in 5′-Richtung liegt, und einem Sense-Primer (sog. Adaptor-Primer) durchgeführt, der dem Poly(G)-Tail des neu synthetisierten 5′-Endes reziprok ist, d. h. poly(C) enthält. Das nun in großer Zahl vermehrte 5′-Ende kann nun entweder kloniert oder direkt sequenziert werden.

Die 3′-RACE-PCR läuft ähnlich, lediglich, dass man Sense-Primer für die bekannte cDNA-Sequenz einsetzt und als Homopolymer am 3′-Ende direkt auf den Poly(A)-Schwanz des Transkripts zurückgreifen kann und einen Poly(T)-Antisense-Primer (Adaptor-Primer) für die PCR-Reaktion einsetzt.

Literatur

  1. Frohman MA et al (1988) Rapid production of full-length cDNAs from rare transcripts: amplification using a single gene-specific oligonucleotide primer. Proc Natl Acad Sci USA 85:8998–9002CrossRefPubMedGoogle Scholar

Copyright information

© Springer-Verlag GmbH Deutschland, ein Teil von Springer Nature 2018

Authors and Affiliations

  1. 1.Abteilung MolekulargenetikLabor Dr. WisplinghoffKölnDeutschland

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