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Allelic Drop-out (Allelausfall)

  • J. Arnemann
Living reference work entry
Part of the Springer Reference Medizin book series (SRM)

Zusammenfassung

Allelic Drop-out (Allelausfall)

Synonym(e)

Allel-Ausfall

Englischer Begriff

allelic Drop-out

Definition

Unter Allelic Drop-out (Allelausfall) versteht man den fehlerhaften Ausfall bzw. den aufgrund meist fehlerhafter technischer Konstellationen nicht erfolgten Nachweis eines Allels.

Beschreibung

Der Allelic Drop-out (Allelausfall) als Folge einer PCR beruht meist auf einer problembehafteten Bindung der PCR-Primer. Im eher selteneren Fall könnte die DNA-Menge für einen PCR-Ansatz zu gering sein, sodass ein oder mehrere Allele in einem Ansatz nicht amplifiziert werden. Häufiger führen seltene Sequenzvarianten oder Mutationen im Abschnitt der Primerbindungssequenz auf der genomischen DNA zu einer Veränderung der Annealingtemperatur und damit zu einer suboptimalen oder gar fehlenden Bindung der Primer. Der DNA-Abschnitt mit der Sequenzvariante wird somit nicht amplifiziert und entgeht der Auswertung

Literatur

  1. Hahn S, Garvin AM, Di Naro E et al (1998) Allele drop-out can occur in alleles differing by a single nucleotide and is not alleviated by preamplification or minor template increments. Genet Test 2:351–355CrossRefPubMedGoogle Scholar

Copyright information

© Springer-Verlag GmbH Deutschland, ein Teil von Springer Nature 2018

Authors and Affiliations

  1. 1.Abteilung MolekulargenetikLabor Dr. WisplinghoffKölnDeutschland

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