Abstract
All but a few bacterial species have an absolute need for heme, and most are able to synthesize it via a pathway that is highly conserved among all life domains. Because heme is a rich source for iron, many pathogenic bacteria have also evolved processes for sequestering heme from their hosts. The heme biosynthesis pathways are well understood at the genetic and structural biology levels. In comparison, much less is known about the heme acquisition, trafficking, and degradation processes in bacteria. Gram-positive and Gram-negative bacteria have evolved similar strategies but different tactics for importing and degrading heme, likely as a consequence of their different cellular architectures. The differences are manifested in distinct structures for molecules that perform similar functions. Consequently, the aim of this chapter is to provide an overview of the structural biology of proteins and protein-protein interactions that enable Gram-positive and Gram-negative bacteria to sequester heme from the extracellular milieu, import it to the cytosol, and degrade it to mine iron.
Please cite as: Met. Ions Life Sci. 12 (2013) 279–332
Access this chapter
Tax calculation will be finalised at checkout
Purchases are for personal use only
Abbreviations
- A:
-
acetate substituent
- ABC:
-
ATP -binding cassette
- ALA:
-
δ-aminolevulinic acid
- ATP:
-
adenosine 5’-triphosphate
- BphP:
-
bacterial phytochrome
- CD:
-
circular dichroism
- EPR:
-
electron paramagnetic resonance
- GSA:
-
glutamate-1-semialdehyde
- HarA:
-
haptoglobin receptor A = IsdH
- Has:
-
heme acquisition system
- Hb:
-
hemoglobin
- heme:
-
Fe2+ complex of protoporphyrin IX
- hemin:
-
Fe3+ complex of protoporphyrin IX
- Hma:
-
heme receptor
- HO:
-
heme oxygenase
- Hp:
-
haptoglobin
- HPX:
-
hemopexin
- HSA:
-
human serum albumin
- HSQC:
-
heteronuclear single quantum coherence spectroscopy
- Isd:
-
iron-responsive determinant
- ITC:
-
isothermal titration colorimetry
- K a :
-
affinity constant
- K d :
-
dissociation constant
- MBP:
-
maltose binding protein
- MCD:
-
magnetic circular dichroism
- metHB:
-
methemoglobin
- NADPH:
-
nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (reduced)
- NBD:
-
nucleotide binding domain
- NEAT:
-
near iron transporter
- NMR:
-
nuclear magnetic resonance
- OM:
-
outer membrane
- P:
-
propionate substituent
- PBP:
-
periplasmic binding proteins
- PDB:
-
Protein Data Bank
- PMP:
-
pyridoxamine-5’-monophosphate
- PPIX:
-
protoporphyrin IX
- PRE:
-
paramagnetic relaxation enhancement
- RR:
-
resonance Raman
- Shp:
-
Streptococcal heme-associated protein
- Shr:
-
Streptococcal hemoprotein receptor
- SPR:
-
surface plasmon resonance
- TBDT:
-
TonB-dependent outer transportet
- TM:
-
transmembrane
- TMD:
-
transmembrane domain
References
A. Kusaba, T. Ansai, S. Akifusa, K. Nakahigashi, S. Taketani, H. Inokuchi, T. Takehara, Oral Microbiol. Immunol. 2002, 17, 290–295.
D. C. White, S. Granick, J. Bacteriol. 1963, 85, 842–850.
M. R. Loeb, J. Bacteriol. 1995, 177, 3613–3615.
C. Wandersman, P. Delepelaire, Annu. Rev. Microbiol. 2004, 58, 611–647.
V. Braun, K. Handtke, Microbiol. Monogr. 2007, 6, 190–219.
B. R. Otto, A. M. J. J. Verweij-van Vught, D. M. Maclaren, Crit. Rev. Microbiol. 1992, 18, 217–233.
P. Ascenzi, A. Bocedi, P. Visca, F. Altruda, E. Tolosano, T. Beringhelli, M. Fasano, IUBMB Life 2005, 57, 749–759.
N. Frankenberg, J. Moser, D. Jahn, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2003, 63, 115–127.
G. Layer, J. Reichelt, D. Jahn, D. W. Heinz, Protein Sci. 2010, 19, 1137–1161.
I. U. Heinemann, M. Jahn, D. Jahn, Arch. Biochem. Biophys. 2008, 474, 238–251.
V. B. Borisov, R. B. Gennis, J. Hemp, M. I. Verkhovsky, Biochim. Biophys. Acta - Bioenergetics 2011, 1807, 1398–1413.
D. E. Hultquist, P. G. Passon, Nature New Biology 1971, 275, 51–61.
R. L. Nagel, Q. H. Gibson, J. Biol. Chem. 1971, 246, 69–73.
G. Kikuchi, T. Yoshida, M. Noguchi, Biochem. Biophys. Res. Comm. 2005, 338, 558–567.
I. Stojiljkovic, D. Perkins-Balding, DNA & Cell Biology 2002, 21, 281–295.
F. Tiburzi, F. Imperi, P. Visca, IUBMB Life 2009, 61, 80–83.
A. Wilks, K. A. Burkhard, Natural Product Reports 2007, 24, 511–522.
M. Reniere, V. Torres, E. Skaar, BioMetals 2007, 20, 333–345.
E. Gouaux, J. Struct. Biol. 1998, 121, 110–122.
M. L. Vasil, R. M. Berka, G. L. Gray, H. Nakai, J. Bacteriol. 1982, 152, 431–440.
F. S. Boretti, P. W. Buehler, F. D’Agnillo, K. Kluge, T. Glaus, O. I. Butt, Y. Jia, J. Goede, C. P. Pereira, M. Maggiorini, G. Schoedon, A. I. Alayash, D. J. Schaer, J. Clin. Invest. 2009, 119, 2271–2280.
M. Kristiansen, J. H. Graversen, C. Jacobsen, O. Sonne, H.-J. Hoffman, S. K. A. Law, S. K. Moestrup, Nature 2001, 409, 198–201.
P. Zunszain, J. Ghuman, T. Komatsu, E. Tsuchida, S. Curry, BMC Struct. Biol. 2003, 3, 6.
P. A. Adams, M. C. Berman, Biochem. J. 1980, 191, 95–102.
Z. Hrkal, U. Mueller-Eberhard, Biochemistry 1971, 10, 1746–1750.
W. T. Morgan, U. Muller-Eberhard, J. Biol. Chem. 1972, 247, 7181–7187.
V. Hvidberg, M. B. Maniecki, C. Jacobsen, P. Højrup, H. J. Møller, S. K. Moestrup, Blood 2005, 106, 2572–2579.
Y. Tong, M. Guo, Arch. Biochem. Biophys. 2009, 481, 1–15.
C. Wandersman, I. Stojiljkovic, Curr. Opin. Microbiol. 2000, 3, 215–220.
M. Mills, S. M. Payne, Infection Immunity 1997, 65, 5358–5363.
A. G. Torres, S. M. Payne, Mol. Microbiol. 1997, 23, 825–833.
U. A. Ochsner, Z. Johnson, M. L. Vasil, Microbiolog 2000, 146, 185–198.
J. M. Ghigo, S. Létoffé, C. Wandersman, J. Bacteriol. 1997, 179, 3572–3579.
S. Létoffé, J. M. Ghigo, C. Wandersman, J. Bacteriol. 1994, 176, 5372–5377.
S. Létoffé, V. Redeker, C. Wandersman, Mol. Microbiol. 1998, 28, 1223–1234.
S. Létoffé, K. Omori, C. Wandersman, J. Bacteriol. 2000, 182, 4401–4405.
M.-S. Rossi, J. D. Fetherston, S. Létoffé, E. Carniel, R. D. Perry, J.-M. Ghigo, Infection Immunity 2001, 69, 6707–6717.
M. S. Hanson, S. E. Pelzel, J. Latimer, U. Muller-Eberhard, E. J. Hansen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 1973–1977.
L. D. Cope, S. E. Thomas, Z. Hrkal, E. J. Hansen, Infection Immunity 1998, 66, 4511–4516.
J.-L. Gao, K.-A. Nguyen, N. Hunter, J. Biol. Chem. 2010, 285, 40028–40038.
C. Bradbeer, J. Bacteriol. 1993, 175, 3146–3150.
D. P. Chimento, R. J. Kadner, M. C. Wiener, Proteins: Structure, Function, Bioinformatic, 2005, 59, 240–251.
D. Cobessi, A. Meksem, K. Brillet, Proteins: Structure, Function, Bioinformatics 2010, 78, 286–294.
A. D. Ferguson, J. Deisenhofer, Biochim. Biophys Acta - Biomembranes 2002, 1565, 318–332.
A. D. Ferguson, C. A. Amezcua, N. M. Halabi, Y. Chelliah, M. K. Rosen, R. Ranganathan, J. Deisenhofer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 513–518.
C. S. Bracken, M. T. Baer, A. Abdur-Rashid, W. Helms, I. Stojiljkovic, J. Bacteriol. 1999, 181, 6063–6072.
S. Krieg, F. Huché, K. Diederichs, N. Izadi-Pruneyre, A. Lecroisey, C. Wandersman, P. Delepelaire, W. Welte, J. Deisenhofer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 1045–1050.
K. A. Burkhard, A. Wilks, J. Biol. Chem. 2007, 282, 15126–15136.
X. Liu, T. Olczak, H.-C. Guo, D. W. Dixon, C. A. Genco, Infection Immunity 2006, 74, 1222–1232.
N. Izadi-Pruneyre, F. Huché, G. S. Lukat-Rodgers, A. Lecroisey, R. Gilli, K. R. Rodgers, C. Wandersman, P. Delepelaire, J. Biol. Chem. 2006, 281, 25541–25550.
E. C. Hagan, H. L. T. Mobley, Mol. Microbiol. 2009, 71, 79–91.
D. Perkins-Balding, M. T. Baer, I. Stojiljkovic, Microbiology 2003, 149, 3423–3435.
C. Barjon, K. Wecker, N. Izadi-Pruneyre, P. Delepelaire, J. Bacteriol. 2007, 189, 5379–5382.
N. Izadi, Y. Henry, J. Haladjian, M. E. Goldberg, C. Wandersman, M. Delepierre, A. Lecroisey, Biochemistry 1997, 36, 7050–7057.
C. Caillet-Saguy, M. Delepierre, A. Lecroisey, I. Bertini, M. Piccioli, P. Turano, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 150–158.
P. Arnoux, R. Haser, N. Izadi, A. Lecroisey, M. Delepelaire, C. Wandersman, M. Czjzek, Nature Struct. Biol. 1999, 6, 516–520.
A. Y. Alontaga, J. C. RodrÃguez, E. Schönbrunn, A. Becker, T. Funke, E. T. Yukl, T. Hayashi, J. Stobaugh, P. Moënne-Loccoz, M. Rivera, Biochemistry 2009, 48, 96–109.
P. A. Williams, V. Fulop, E. F. Garman, N. F. W. Saunders, S. J. Ferguson, J. Hajdu, Nature 1997, 389, 406–412.
T. J. Reid, M. R. Murthy, A. Sicignano, N. Tanaka, W. D. Musick, M. G. Rossmann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1981, 78, 4767–4771.
N. Wolff, C. Deniau, S. Létoffé, C. Simenel, V. Kumar, I. Stojiljkovic, C. Wandersman, M. Delepierre, A. Lecroisey, Protein Sci. 2002, 11, 757–765.
C. Caillet-Saguy, P. Turano, M. Piccioli, G. S. Lukat-Rodgers, M. Czjzek, B. Guigliarelli, N. Izadi-Pruneyre, K. R. Rodgers, M. Delepierre, A. Lecroisey, J. Biol. Chem. 2008, 283, 5960–5970.
C. Deniau, R. Gilli, N. Izadi-Pruneyre, S. Létoffé, M. Delepierre, C. Wandersman, C. Briand, A. Lecroisey, Biochemistry 2003, 42, 10627–10633.
G. Jepkorir, J. C. RodrÃguez, H. Rui, W. Im, S. Lovell, K. P. Battaile, A. Y. Alontaga, E. T. Yukl, P. Moënne-Loccoz, M. Rivera, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9857–9872.
N. Wolff, N. Izadi-Pruneyre, J. Couprie, M. Habeck, J. Linge, W. Rieping, C. Wandersman, M. Nilges, M. Delepierre, A. Lecroisey, J. Mol. Biol. 2008, 376, 517–525.
S. Létoffé, F. Nato, M. E. Goldberg, C. Wandersman, Mol. Microbiol. 1999, 33, 546–555.
E. T. Yukl, G. Jepkorir, A. Y. Alontaga, L. Pautsch, J. C. Rodriguez, M. Rivera, P. Moënne-Loccoz, Biochemistry 2010, 49, 6646–6654.
G. S. Lukat-Rodgers, K. R. Rodgers, C. Caillet-Saguy, N. Izadi-Pruneyre, A. Lecroisey, Biochemistry 2008, 47, 2087–2098.
M. Czjzek, S. Létoffé, C. Wandersman, M. Delepierre, A. Lecroisey, N. Izadi-Pruneyre, J. Mol. Biol. 2007, 365, 1176–1186.
C. l. Caillet-Saguy, M. Piccioli, P. Turano, N. Izadi-Pruneyre, M. Delepierre, I. Bertini, A. Lecroisey, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1736–1744.
S. C. Holt, L. Kesavalu, S. Walker, C. A. Genco, Periodontology 2000, 1999, 20, 168–238.
T. Olczak, W. Simpson, X. Liu, C. A. Genco, FEMS Microbiol. Rev. 2005, 29, 119–144.
J. W. Smalley, J. Silver, P. J. Marsh, A. J. Birss, Biochem. J. 1998, 331, 681–685.
A. Sroka, M. Sztukowska, J. Potempa, J. Travis, C. A. Genco, J. Bacteriol. 2001, 183, 5609–5616.
J. W. Smalley, A. J. Birss, B. Szmigielski, J. Potempa, Biol. Chem. 2008, 389, 1235–1238.
J. W. Smalley, A. J. Birss, B. Szmigielski, J. Potempa, Arch. Biochem. Biophys. 2007, 465, 44–49.
J. W. Smalley, D. P. Byrne, A. J. Birss, H. Wojtowicz, A. Sroka, J. Potempa, T. Olczak, PLoS ONE 2011, 6, e17182.
T. Olczak, H. Wojtowicz, J. Ciuraszkiewicz, M. Olczak, BMC Microbiol. 2010, 10, 134.
C. E. Allen, M. P. Schmitt, J. Bacteriol. 2009, 191, 2638–2648.
H. Wójtowicz, J. Wojaczyński, M. Olczak, J. Króliczewski, L. Latos-Grażyński, T. Olczak, Biochem. Biophys. Res. Comm. 2009, 383, 178–182.
T. Olczak, A. Sroka, J. Potempa, M. Olczak, Arch. Microbiol. 2008, 189, 197–210.
H. Wójtowicz, T. Guevara, C. Tallant, M. Olczak, A. Sroka, J. Potempa, M. Solà , T. Olczak, F. X. Gomis-Rüth, PLoS Pathog. 2009, 5, e1000419.
C. Fournier, A. Smith, P. Delepelaire, Mol. Microbiol. 2011, 80, 133–148.
C. L. Nobles, A. W. Maresso, Metallomics 2011, 3, 788–796.
E. Honsa, A. Maresso, BioMetals 2011, 24, 533–545.
E. P. Skaar, O. Schneewind, Microbes Infection. 2004, 6, 390–397.
M. Andrade, F. Ciccarelli, C. Perez-Iratxeta, P. Bork, Genome Biology 2002, 3, research0047.0041 - research0047.0045.
C. S. Bates, G. E. Montañez, C. R. Woods, R. M. Vincent, Z. Eichenbaum, Infection Immunity, 2003, 71, 1042–1055.
M. V. Tullius, C. A. Harmston, C. P. Owens, N. Chim, R. P. Morse, L. M. McMath, A. Iniguez, J. M. Kimmey, M. R. Sawaya, J. P. Whitelegge, M. A. Horwitz, C. W. Goulding, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 5051–5056.
C. P. Owens, J. Du, J. H. Dawson, C. W. Goulding, Biochemistry 2012, 51, 1518–1531.
S. K. Mazmanian, E. P. Skaar, A. H. Gaspar, M. Humayun, P. Gornicki, J. Jelenska, A. Joachmiak, D. M. Missiakas, O. Schneewind, Science 2003, 299, 906–909.
L. A. Marraffini, A. C. Dedent, O. Schneewind, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006, 70, 192–221.
C. F. M. Gaudin, J. C. Grigg, A. L. Arrieta, M. E. P. Murphy, Biochemistry 2011, 50, 5443–5452.
R. Aranda IV, C. E. Worley, M. Liu, E. Bitto, M. S. Cates, J. S. Olson, B. Lei, G. N. Phillips Jr, J. Mol. Biol. 2007, 374, 374–383.
V. J. Torres, G. Pishchany, M. Humayun, O. Schneewind, E. P. Skaar, J. Bacteriol. 2006, 188, 8421–8429.
H. K. Kim, A. DeDent, A. G. Cheng, M. McAdow, F. Bagnoli, D. M. Missiakas, O. Schneewind, Vaccine 2010, 28, 6382–6392.
N. Muryoi, M. T. Tiedemann, M. Pluym, J. Cheung, D. E. Heinrichs, M. J. Stillman, J. Biol. Chem. 2008, 283, 28125–28136.
M. T. Tiedemann, N. Muryoi, D. E. Heinrichs, M. J. Stillman, Biochem. Soc. Trans. 2008, 36, 1138–1143.
R. M. Pilpa, S. A. Robson, V. A. Villareal, M. L. Wong, M. Phillips, R. T. Clubb, J. Biol. Chem. 2009, 284, 1166–1176.
M. Liu, W. N. Tanaka, H. Zhu, G. Xie, D. M. Dooley, B. Lei, J. Biol.Chem. 2008, 283, 6668–6676.
H. Zhu, G. Xie, M. Liu, J. S. Olson, M. Fabian, D. M. Dooley, B. Lei, J. Biol. Chem. 2008, 283, 18450–18460.
S. K. Mazmanian, E. P. Skaar, A. H. Gaspar, M. Humayun, P. Gornicki, J. Jelenska, A. Joachmiak, D. M. Missiakas, O. Schneewind, Science 2003, 299, 906–909.
V. A. Villareal, R. M. Pilpa, S. A. Robson, E. A. Fadeev, R. T. Clubb, J. Biol. Chem. 2008, 283, 31591–31600.
R. M. Pilpa, E. A. Fadeev, V. A. Villareal, M. L. Wong, M. Phillips, R. T. Clubb, J. Mol. Biol. 2006, 360, 435–447.
J. C. Grigg, C. L. Vermeiren, D. E. Heinrichs, M. E. P. Murphy, Mol. Microbiol. 2007, 63, 139–149.
K. H. Sharp, S. Schneider, A. Cockayne, M. Paoli, J. Biol. Chem. 2007, 282, 10625–10631.
M. Watanabe, Y. Tanaka, A. Suenaga, M. Kuroda, M. Yao, N. Watanabe, F. Arisaka, T. Ohta, I. Tanaka, K. Tsumoto, J. Biol. Chem. 2008, 283, 28649–28659.
K. Krishna Kumar, D. A. Jacques, G. Pishchany, T. Caradoc-Davies, T. Spirig, G. R. Malmirchegini, D. B. Langley, C. F. Dickson, J. P. Mackay, R. T. Clubb, E. P. Skaar, J. M. Guss, D. A. Gell, J. Biol. Chem. 2011, 286, 38439–38447.
V. A. Villareal, T. Spirig, S. A. Robson, M. Liu, B. Lei, R. T. Clubb, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 14176–14179.
J. C. Grigg, C. X. Mao, M. E. P. Murphy, J. Mol. Biol. 2011, 413, 684–698.
Y. Moriwaki, J. M. M. Caaveiro, Y. Tanaka, H. Tsutsumi, I. Hamachi, K. Tsumoto, Biochemistry 2011, 50, 7311–7320.
A. W. Maresso, G. Garufi, O. Schneewind, PLoS Pathog. 2008, 4, e1000132.
M. Fabian, E. Solomaha, J. S. Olson, A. W. Maresso, J. Biol. Chem. 2009, 284, 32138–32146.
M. T. Ekworomadu, C. B. Poor, C. P. Owens, M. A. Balderas, M. Fabian, J. S. Olson, F. Murphy, E. Balkabasi, E. S. Honsa, C. He, C. W. Goulding, A. W. Maresso, PLoS Pathog. 2012, 8, e1002559.
B. Lei, L. M. Smoot, H. M. Menning, J. M. Voyich, S. V. Kala, F. R. Deleo, S. D. Reid, J. M. Musser, Infection Immunity 2002, 70, 4494–4500.
M. Fisher, Y.-S. Huang, X. Li, K. S. McIver, C. Toukoki, Z. Eichenbaum, Infection Immunity 2008, 76, 5006–5015.
M. Fisher, Y. S. Huang, X. Li, K. S. McIver, C. Toukoki, Z. Eichenbaum, Infection Immunity 2008, 76, 5006–5015.
M. Liu, B. Lei, Infection Immunity 2005, 73, 5086–5092.
T. K. Nygaard, G. C. Blouin, M. Liu, M. Fukumura, J. S. Olson, M. Fabian, D. M. Dooley, B. Lei, J. Biol. Chem. 2006, 281, 20761–20771.
H. Zhu, M. Liu, B. Lei, BMC Microbiol. 2008, 8, 15.
Y. Ran, H. Zhu, M. Liu, M. Fabian, J. S. Olson, R. Aranda, G. N. Phillips, D. M. Dooley, B. Lei, J. Biol. Chem. 2007, 282, 31380–31388.
M. Ouattara, E. Bentley Cunha, X. Li, Y.-S. Huang, D. Dixon, Z. Eichenbaum, Mol. Microbiol. 2010, 78, 739–756.
F. Frolow, A. J. Kalb, J. Yariv, Nature Struct. Biol. 1994, 1, 453–460.
B. C. Chu, H. J. Vogel, Biol. Chem. 2011, 392, 39–52.
R. Tam, M. H. Saier, Jr., Microbiol. Rev. 1993, 57, 320–346.
F. A. Quiocho, P. S. Ledvina, Mol. Microbiol. 1996, 20, 17–25.
N. Yao, S. Trakhanov, F. A. Quiocho, Biochemistry 1994, 33, 4769–4779.
M. C. Lawrence, P. A. Pilling, V. C. Epa, A. M. Berry, A. D. Ogunniyi, J. C. Paton, Structure 1998, 6, 1553–1561.
Y. H. Lee, R. K. Deka, M. V. Norgard, J. D. Radolf, C. A. Hasemann, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 628–633.
T. E. Clarke, S. Y. Ku, D. R. Dougan, H. J. Vogel, L. W. Tari, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 287–291.
J. C. Spurlino, G. Y. Lu, F. A. Quiocho, J. Biol. Chem. 1991, 266, 5202–5219.
A. J. Sharff, L. E. Rodseth, J. C. Spurlino, F. A. Quiocho, Biochemistry 1992, 31, 10657–10663.
S. Trakhanov, N. K. Vyas, H. Luecke, D. M. Kristensen, J. Ma, F. A. Quiocho, Biochemistry 2005, 44, 6597–6608.
Y. H. Lee, M. R. Dorwart, K. R. Hazlett, R. K. Deka, M. V. Norgard, J. D. Radolf, C. A. Hasemann, J. Bacteriol. 2002, 184, 2300–2304.
N. K. Karpowich, H. H. Huang, P. C. Smith, J. F. Hunt, J. Biol. Chem. 2003, 278, 8429–8434.
W. W. Ho, H. Li, S. Eakanunkul, Y. Tong, A. Wilks, M. Guo, T. L. Poulos, J. Biol. Chem. 2007, 282, 35796–35802.
D. Mattle, A. Zeltina, J. S. Woo, B. A. Goetz, K. P. Locher, J. Mol. Biol. 2010, 404, 220–231.
S. Eakanunkul, G. S. Lukat-Rodgers, S. Sumithran, A. Ghosh, K. R. Rodgers, J. H. Dawson, A. Wilks, Biochemistry 2005, 44, 13179–13191.
Y. Tong, M. Guo, J. Biol. Inorg. Chem. 2007, 12, 735–750.
I. Fita, M. G. Rossmann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 1604–1608.
A. C. K. Chan, B. Lelj-Garolla, F. I. Rosell, K. A. Pedersen, A. G. Mauk, M. E. P. Murphy, J. Mol. Biol. 2006, 362, 1108–1119.
G. Jepkorir, J. C. RodrÃguez, H. Rui, W. Im, S. Lovell, K. P. Battaille, A. Y. Alontaga, E. T. Yukl, P. Moënne-Loccoz, M. Rivera, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9857-9872.
R. Shi, A. Proteau, J. Wagner, Q. Cui, E. O. Purisima, A. Matte, M. Cygler, Proteins 2009, 75, 598–609.
Z. Ouyang, R. Isaacson, Infection Immunity 2006, 74, 6949–6956.
J. C. Grigg, J. Cheung, D. E. Heinrichs, M. E. Murphy, J. Biol. Chem. 2010, 285, 34579–34588.
J. C. Grigg, J. D. Cooper, J. Cheung, D. E. Heinrichs, M. E. Murphy, J. Biol. Chem. 2010, 285, 11162–11171.
S. Konetschny-Rapp, G. Jung, J. Meiwes, H. Zahner, Eur. J. Biochem. 1990, 191, 65–74.
H. Drechsel, S. Freund, G. Nicholson, H. Haag, O. Jung, H. Zahner, G. Jung, Biometals 1993, 6, 185–192.
F. C. Beasley, E. D. Vines, J. C. Grigg, Q. Zheng, S. Liu, G. A. Lajoie, M. E. Murphy, D. E. Heinrichs, Mol. Microbiol. 2009, 72, 947–963.
S. E. Dale, M. T. Sebulsky, D. E. Heinrichs, J. Bacteriol. 2004, 186, 8356–8362.
F. Peuckert, M. Miethke, A. G. Albrecht, L. O. Essen, M. A. Marahiel, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2009, 48, 7924–7927.
C. Kandt, Z. Xu, D. P. Tieleman, Biochemistry 2006, 45, 13284–13292.
M. Liu, J. G. Su, R. Kong, T. G. Sun, J. J. Tan, W. Z. Chen, C. X. Wang, Biophys. Chem. 2008, 138, 42–49.
M. Liu, T. Sun, J. Hu, W. Chen, C. Wang, Biophys. Chem. 2008, 135, 19–24.
D. C. White, S. Granick, J. Bacteriol. 1963, 85, 842–850.
H. Panek, M. R. O’Brian, Microbiology 2002, 148, 2273–2282.
M. R. Loeb, J. Bacteriol. 1995, 177, 3613–3615.
M. S. Hanson, E. J. Hansen, Mol. Microbiol. 1991, 5, 267–278.
M. S. Hanson, C. Slaughter, E. J. Hansen, Infection Immunity 1992, 60, 2257–2266.
D. J. Morton, L. L. Madore, A. Smith, T. M. Vanwagoner, T. W. Seale, P. W. Whitby, T. L. Stull, FEMS Microbiol. Lett. 2005, 253, 193–199.
D. J. Morton, T. W. Seale, L. O. Bakaletz, J. A. Jurcisek, A. Smith, T. M. VanWagoner, P. W. Whitby, T. L. Stull, Int. J. Med. Microbiol. 2009, 299, 479–488.
B. Vergauwen, J. Elegheert, A. Dansercoer, B. Devreese, S. N. Savvides, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 13270–13275.
P. M. Jones, M. L. O’Mara, A. M. George, Trends Biochem. Sci. 2009, 34, 520–531.
K. P. Locher, E. Borths, FEBS Lett. 2004, 564, 264–268.
C. F. Higgins, Annu. Rev. Cell Biol. 1992, 8, 67–113.
A. Wilks, K. A. Burkhard, Nat. Prod. Rep. 2007, 24, 511–522.
K. Hollenstein, R. J. Dawson, K. P. Locher, Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 412–418.
R. J. Dawson, K. Hollenstein, K. P. Locher, Mol. Microbiol. 2007, 65, 250–257.
C. F. Higgins, K. J. Linton, Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 918–926.
K. A. Burkhard, A. Wilks, Biochemistry 2008, 47, 7977–7979.
K. P. Locher, A. T. Lee, D. C. Rees, Science 2002, 296, 1091–1098.
R. N. Hvorup, B. A. Goetz, M. Niederer, K. Hollenstein, E. Perozo, K. P. Locher, Science 2007, 317, 1387–1390.
N. Cadieux, C. Bradbeer, E. Reeger-Schneider, W. Koster, A. K. Mohanty, M. C. Wiener, R. J. Kadner, J. Bacteriol. 2002, 184, 706–717.
H. W. Pinkett, A. T. Lee, P. Lum, K. P. Locher, D. C. Rees, Science 2007, 315, 373–377.
O. Lewinson, A. T. Lee, K. P. Locher, D. C. Rees, Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 332–338.
L. L. Anzaldi, E. P. Skaar, Infection Immunity 2010, 78, 4977–4989.
S. Severance, I. Hamza, Chem. Rev. 2009, 109, 4596–4616.
M. Rivera, J. C. Rodriguez, The Dual Role of Heme as Cofactor and Substrate in the Biosynthesis of Carbon Monoxide, in Metal Ions in the Life Sciences, Vol. 6, Eds A. Sigel, H. Sigel, R. K. O. Sigel, RSC Publishing, Cambridge, UK, 2009, pp 241–293,.
M. Rivera, Y. Zeng, J. Inorg. Biochem. 2005, 99, 337–354.
N. Frankenberg-Dinkel, Antioxid. Redox Signa. 2004, 6, 825–834.
M. Ratliff-Griffin, A. Wilks, I. Stojiljkovic, Iron Transport in Bacteria: Molecular Genetics, Biochemistry, Microbial Pathogenesis and Ecology, in Bacterial Heme Oxygenases, Eds J. H. Crosa, A. R. Mey, S. M. Payne, ASM Press, Washington, D.C. 2004, pp. 86-94.
D. J. Schuller, W. Zhu, I. Stojiljkovic, A. Wilks, T. L. Poulos, Biochemistry 2001, 40, 11552–11558.
S. Hirotsu, G. C. Chu, M. Unno, D.-S. lee, T. Yoshida, S.-Y. Park, Y. Shiro, M. Ikeda-Saito, J. Biol. Chem. 2004, 279, 11937–11947.
J. Friedman, L. Lad, H. Li, A. Wilks, T. L. Poulos, Biochemistry 2004, 43, 5239–5245.
D. J. Schuller, A. Wilks, P. R. Ortiz de Montellano, T. L. Poulos, Nature Struct. Biol. 1999, 6, 860–867.
M. Sugishima, Y. Omata, Y. Kakuta, H. Sakamoto, M. Noguchi, K. Fukuyama, FEBS Lett. 2000, 471, 61–66.
T. Yoshida, M. Noguchi, G. Kikuchi, J. Biol. Chem. 1980, 255, 4418–4420.
T. Yoshida, M. Noguchi, G. Kikuchi, J. Biochem. 1980, 88, 557–563.
W. Lai, H. Chen, T. Matsui, K. Omori, M. Unno, M. Ikeda-Saito, S. Shaik, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 12960–12970.
Y. Liu, P. R. Ortiz de Montellano, J. Biol. Chem. 2000, 275, 5297–5307.
A. Wang, Y. Zeng, H. Han, S. Weeratunga, B. N. Morgan, P. Moënne-Loccoz, E. Schönbrunn, M. Rivera, Biochemistry 2007, 46, 12198–12211.
A. Wang, J. C. RodrÃguez, H. Han, E. Schönbrunn, M. Rivera, Biochemistry 2008, 47, 8080–8093.
M. Rivera, G. A. Caignan, A. V. Astashkin, A. M. Raitsimring, T. K. Shokhireva, F. A. Walker, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6077–6089.
M. K. Safo, F. A. Walker, A. M. Raitsimring, W. P. Walters, D. P. Dolata, P. G. Debrunner, W. R. Scheidt, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 7760–7770.
F. A. Walker, H. Nasri, I. Torowska-Tyrk, K. Mohanrao, C. T. Watson, N. V. Shkhirev, P. G. Debrunner, W. R. Scheidt, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12109–12118.
G. Simonneaux, V. Schünemann, C. Morice, L. Carel, L. Toupet, H. Winkler, A. X. Trautwein, F. A. Walker, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4366–4377.
G. A. Caignan, R. Deshmukh, Y. Zeng, A. Wilks, R. A. Bunce, M. Rivera, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11842–11852.
P. K. Sharma, R. Kevorkiants, S. P. de Visser, D. Kumar, S. Shaik, Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 1129–1132.
L. Koenigs Lightning, H. Huang, P. Moënne-Loccoz, T. M. Loehr, D. J. Schuller, T. L. Poulos, P. R. Ortiz de Montellano, J. Biol. Chem. 2001, 276, 10612–10619.
H. Fujii, X. Zhang, T. Tomita, M. Ikeda-Saito, T. Yoshida, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6475–6484.
R. Davydov, J. D. Satterlee, H. Fujii, A. Sauer-Masarwa, D. H. Busch, B. M. Hoffman, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 16340–16346.
R. Davydov, T. M. Makris, V. Kofman, D. E. Werst, S. G. Sligar, B. M. Hoffman, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1403–1415.
D. L. Harris, G. H. Loew, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8941–8948.
J. Zheng, d. Wang, W. Thiel, S. Shaik, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13204–13215.
Y. Li, R. T. Syvitski, K. Auclair, A. Wilks, P. R. Ortiz de Montellano, G. N. La Mar, J. Biol. Chem. 2002, 277, 33018–33031.
Y. Li, R. T. Syvitski, K. Auclair, P. R. Ortiz de Montellano, G. N. La Mar, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13392–13403.
Y. Zeng, G. A. Caignan, R. A. Bunce, J. C. Rodriguez, A. Wilks, M. Rivera, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9794–9807.
S. J. Takayama, G. Ukpabi, M. E. Murphy, A. G. Mauk, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 13071–13076.
R. Lemberg, Rev. Pure Appl. Chem. 1956, 6, 1–23.
P. O’Carra, E. Colleran, FEBS Lett. 1969, 5, 295–298.
S. B. Brown, A. A. Chabot, E. A. Enderby, A. C. T. North, Nature 1981, 289, 93–95.
S. Sano, T. Sano, I. Morishima, Y. Shiro, Y. Maeda, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986, 83, 531–535.
J. Crusats, A. Suzuki, T. Mizutani, H. Ogoshi, J. Org. Chem. 1998, 63, 602–607.
D. P. Hildebrand, H.-L. Tang, Y. Luo, C. L. Hunter, M. S. Hunter, G. D. Brayer, A. G. Mauk, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12909–12915.
T. Murakami, I. Morishima, M. Toshitaka, S.-i. Ozaki, I. Hara, H.-J. Yang, Y. Watanabe, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2007–2011.
J. C. Rodriguez, M. Rivera, Biochemistry 1998, 37, 13082–13090.
L. Avila, H.-w. Huang, J. C. RodrÃguez, P. Moënne-Loccoz, M. Rivera, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7618–7619.
J. K. Rice, I. M. Fearnley, P. D. Barker, Biochemistry 1999, 16847–16856.
J. A. Sigman, X. Wang, Y. Lu, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6945–6946.
L. Avila, H. Huang, C. O. Damaso, S. Lu, P. Moënne-Loccoz, M. Rivera, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4103–4110.
R. Tenhunen, H. S. Marver, R. Schmid, J. Biol. Chem. 1969, 244, 6388–6394.
M. Ratliff, W. Zhu, R. Deshmukh, A. Wilks, I. Stojiljkovic, J. Bacteriol. 2001, 183, 6394–6403.
R. Wegele, R. Tasler, Y. Zeng, M. Rivera, N. Frankenberg-Dinkel, J. Biol. Chem. 2004, 279, 45791–45802.
M. L. Vasil, U. A. Ochsner, Mol. Microbiol. 1999, 34, 399–413.
G. A. Caignan, R. Deshmukh, A. Wilks, Y. Zeng, H. Huang, P. Moënne-Loccoz, R. A. Bunce, M. A. Eastman, M. Rivera, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14879–14892.
M. Unno, T. Matsui, G. C. Chu, M. Couture, T. Yoshida, D. L. Rousseau, J. S. Olson, M. Ikeda-Saito, J. Biol. Chem. 2004, 279, 21055–21061.
Y. Zeng, R. Deshmukh, G. A. Caignan, R. A. Bunce, M. Rivera, A. Wilks, Biochemistry 2004, 43, 5222–5238.
R. Deshmukh, Y. Zeng, L. M. Furci, H.-w. Huang, B. N. Morgan, S. Sander, A. Alontaga, R. A. Bunce, P. Moënne-Loccoz, M. Rivera, A. Wilks, Biochemistry 2005, 44, 13713–13723.
J. Wang, J. P. Evans, H. Ogura, G. N. La Mar, P. R. Ortiz de Montellano, Biochemistry 2006, 45, 61–73.
E. P. Skaar, A. H. Gaspar, O. Schneewind, J. Biol. Chem. 2004, 279, 436–443.
E. P. Skaar, A. H. Gaspar, O. Schneewind, J. Bacteriol. 2006, 188, 1071–1080.
S. Puri, M. R. O’Brian, J. Bacteriol. 2006, 188, 6476–6482.
N. Chim, A. Iniguez, T. Q. Nguyen, C. W. Goulding, J. Mol. Biol. 2010, 395, 595–608.
R. Wu, E. P. Skaar, R. Zhang, G. Joachimiak, P. Gornicki, O. Schneewind, A. Joachimiak, J. Biol. Chem. 2005, 280, 2840–2846.
W. C. Lee, M. L. Reniere, E. P. Skaar, M. E. Murphy, J. Biol. Chem. 2008, 283, 30957–30963.
J. C. Grigg, G. Ukpabi, C. F. Gaudin, M. E. Murphy, J. Inorg. Biochem. 2010, 104, 341–348.
M. L. Reniere, G. N. Ukpabi, S. R. Harry, D. F. Stec, R. Krull, D. W. Wright, B. O. Bachmann, M. E. Murphy, E. P. Skaar, Mol. Microbiol. 2010, 75, 1529–1538.
S. Letoffe, G. Heuck, P. Delepelaire, N. Lange, C. Wandersman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 11719–11724.
T. T. Chau, M. Ishigaki, T. Kataoka, S. Taketani, Biosci. Biotechnol. Biochem. 2010, 74, 1415–1420.
H. A. Dailey, V. M. Sellers, T. A. Dailey, J. Biol. Chem. 1994, 269, 390–395.
H. A. Dailey, A. N. Septer, L. Daugherty, D. Thames, S. Gerdes, E. V. Stabb, A. K. Dunn, T. A. Dailey, J. D. Phillips, MBio 2011, 2, e00248–00211.
X. Liu, Q. Du, Z. Wang, D. Zhu, Y. Huang, N. Li, T. Wei, S. Xu, L. Gu, J. Biol. Chem. 2011, 286, 14922–14931.
C. Zubieta, R. Joseph, S. S. Krishna, D. McMullan, M. Kapoor, H. L. Axelrod, M. D. Miller, P. Abdubek, C. Acosta, T. Astakhova, D. Carlton, H. J. Chiu, T. Clayton, M. C. Deller, L. Duan, Y. Elias, M. A. Elsliger, J. Feuerhelm, S. K. Grzechnik, J. Hale, G. W. Han, L. Jaroszewski, K. K. Jin, H. E. Klock, M. W. Knuth, P. Kozbial, A. Kumar, D. Marciano, A. T. Morse, K. D. Murphy, E. Nigoghossian, L. Okach, S. Oommachen, R. Reyes, C. L. Rife, P. Schimmel, C. V. Trout, H. van den Bedem, D. Weekes, A. White, Q. Xu, K. O. Hodgson, J. Wooley, A. M. Deacon, A. Godzik, S. A. Lesley, I. A. Wilson, Proteins 2007, 69, 234–243.
I. Stojiljkovic, K. Hantke, Mol. Microbiol. 1994, 13, 719–732.
A. Wilks, Arch. Biochem. Biophys. 2001, 387, 137–142.
M. D. Suits, G. P. Pal, K. Nakatsu, A. Matte, M. Cygler, Z. Jia, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 16955–16960.
M. D. Suits, N. Jaffer, Z. Jia, J. Biol. Chem. 2006, 281, 36776–36782.
I. B. Lansky, G. S. Lukat-Rodgers, D. Block, K. R. Rodgers, M. Ratliff, A. Wilks, J. Biol. Chem. 2006, 281, 13652–13662.
M. N. Bhakta, A. Wilks, Biochemistry 2006, 45, 11642–11649.
M. J. O’Neill, M. N. Bhakta, K. G. Fleming, A. Wilks, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 5639–5644.
S. Schneider, K. H. Sharp, P. D. Barker, M. Paoli, J. Biol. Chem. 2006, 281, 32606–32610.
Acknowledgments
The authors are indebted to Mr. Ritesh Kumar for his assistance in the preparation of figures. The authors’ work reported in this review was carried out with support from grants from the National Institutes of Health (GM 50503) and the National Science Foundation (MCB-0818488).
Author information
Authors and Affiliations
Corresponding author
Editor information
Editors and Affiliations
Rights and permissions
Copyright information
© 2013 Springer Science+Business Media Dordrecht
About this chapter
Cite this chapter
Benson, D.R., Rivera, M. (2013). Heme Uptake and Metabolism in Bacteria. In: Banci, L. (eds) Metallomics and the Cell. Metal Ions in Life Sciences, vol 12. Springer, Dordrecht. https://doi.org/10.1007/978-94-007-5561-1_9
Download citation
DOI: https://doi.org/10.1007/978-94-007-5561-1_9
Published:
Publisher Name: Springer, Dordrecht
Print ISBN: 978-94-007-5560-4
Online ISBN: 978-94-007-5561-1
eBook Packages: Chemistry and Materials ScienceChemistry and Material Science (R0)