Viele Loci, viele Taxa, viele Bäume

Auszug

Eine gut begründete Phylogenie ist das Hauptziel vieler molekularphylogenetischer Studien. Das Verzweigungsmuster des Stammbaumes, das Kladogramm, steht im Kern des Interesses. Was molekulare Daten hier zu leisten vermögen, dürfte außer Frage stehen. Allein: die gute Analyse alleine macht es nicht, der Datensatz selbst muss für die Fragestellung stimmen — wenn die Auswahl von Taxa oder genetischen Loci eine Schieflage hat oder das Alignment nicht gut überprüft ist, nützen die raffiniertesten Methoden gar nichts. Die letzten Jahre der molekularen Phylogenetik waren oft von massivem, vielleicht manchmal sogar etwas unkritischem Datensammeln geprägt. Multigenansätze sind zum Standard geworden und „Phylogenomics“ erscheint einigen als der heilige Gral des Feldes. Allerdings wären vielen Datensätzen letztlich mehr Taxa deutlich besser bekommen als immer längere Sequenzen in den Alignments.Wie löchrige Datensätze zu Supermatrices und vor allem wie große Mengen unabhängiger, oft inkongruenter, Bäume zu Supertrees verknüpft werden können, wollen wir zumindest kurz umreißen. Schließlich: Bäume an sich sind nicht immer der Weisheit letzter Schluss. In der Evolution ist viel mehr passiert, als das lediglich abermillionenmal in Aufspaltungen aus einer Art zwei geworden wären. Die Verschmelzungen von Genomen in der Polyploidisierung, der Horizontale Gentransfer oder das Lineage Sorting sind Beispiele dafür, dass die Dinge nicht immer einfach liegen. Wie Netzwerkdarstellungen die klassischen Stammbäume ergänzen, soll hier auch kurz zur Sprache kommen.