Biologische Datenbanken

Zusammenfassung

Die wichtigste Grundlage der angewandten Bioinformatik ist die Sammlung von Sequenzdaten und damit verbundenen biologischen Informationen. Täglich fallen weltweit solche Daten beispielsweise im Rahmen von Genomsequenzierungsprojekten in sehr großen Mengen an. Um diese Daten sinnvoll nutzen zu können, ist einerseits eine strukturierte Ablage der Daten absolut notwendig, andererseits sollten die Daten von allen interessierten Wissenschaftlern weltweit eingesehen werden können. Die Zeitschrift Nucleic Acids Research widmet einmal jährlich eine Ausgabe den verfügbaren biologischen Datenbanken. Im Database‐Issue, der ersten Ausgabe im Januar, sind alle relevanten Datenbanken tabellarisch mit den zugehörigen URL verzeichnet. Darüber hinaus sind für eine Reihe von Datenbanken Originalbeiträge enthalten, in denen die Datenbanken und ihre Funktion beschrieben werden. Das Database‐Issue, das auch im Internet komplett eingesehen werden kann, stellt einen sehr guten Startpunkt für die Beschäftigung mit biologischen Datenbanken dar. Man unterscheidet bei den biologischen Datenbanken verschiedene Kategorien, entsprechend der Art der Daten. Primäre Datenbanken enthalten Sequenzinformationen (Nukleotid‐ oder Proteinsequenzen) und zugehörige Annotationen wie Funktionsinformationen, Bibliografien, Kreuzreferenzen zu weiteren Datenbanken usw. Sekundäre biologische Datenbanken hingegen fassen Ergebnisse aus Analysen primärer Proteinsequenzdatenbanken zusammen. Dabei ist das Ziel der Analysen, für Klassen von Sequenzen gemeinsame Merkmale abzuleiten, die wiederum zur Klassifizierung unbekannter Sequenzen benutzt werden können (Annotation). Darüber hinaus werden häufig alle weiteren Datenbanken, die biologische oder medizinische Information speichern, wie beispielsweise Literaturdatenbanken, unter dem Begriff der sekundären Datenbanken eingeordnet.