Skip to main content

Bone Diagenesis at Azokh Caves

  • Chapter
  • First Online:
Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor

Abstract

Bone diagenesis is a set of processes by which the organic and mineral phases and the structure of bone are transformed during fossilization. To understand how these processes have affected skeletal material recovered from Azokh Caves (particularly the organic preservation), we measured ‘diagenetic parameters’ of skeletal material from Holocene, Late Pleistocene and Middle Pleistocene deposits from Azokh Caves. Additionally, we used this study to further test the application of both nitrogen adsorption isotherm analysis and mercury intrusion porosimetry for measuring the porosity of fossil bone. The skeletal material from the Pleistocene layers of Azokh Caves can be characterized as generally poorly preserved (especially collagen preservation). Porosity values of the bones are lower than might be expected as many bones show evidence of extensive infilling of the pores with secondary minerals. The pore infilling in the Middle Pleistocene layers is most extensive and this type of preservation has not previously been described in archaeological material.

Резюме

Диагенез костей – это совокупность процессов, в результате которых органические и минеральные составляющие структуры кости трансформируются благодаря распаду и фоссилизации. Чтобы понять, как эти процессы воздействовали на скелетный материал, обнаруженный в Азохской пещере (и, в частности, оценить степень сохранности органических веществ в костях), были измерены определенные “диагенетические параметры” скелетного материала. Тридцать три кости из трех главных участков Азохской пещеры были исследованы для выяснения степени сохранности в зависимости от места находки и возраста образца. Голоценовый материал из Азох 2 был сопоставлен с костями из Азох 1 (подразделения II–III – поздний плейстоцен и средние горизонты подразделения V – средний плейстоцен).

Мы оценили количество коллагена, оставшегося в костях после деминерализации, и степень сохранности минералов с использованием метода FTIR (инфракрасная спектроскопия на основе преобразования Фурье). Изменения на поверхности костей и гистологическая структура поперечного сечения были исследованы с помощью обычного светового и сканирующего электронного микроскопов с электронной информационной системой (EDS). Степень гистологической сохранности была оценена с использованием шкалы Oxford Histological Index. Изменения в пористости костей были измерены с помощью изотермального анализа поглощения азота (NAIA) и ртутной интрузионной порометрии (HgIP), а результаты этих двух методов в дальнейшем были сопоставлены.

Согласно величинам “диагенетических параметров”, материал из Азох 2 представлял собой смесь из хорошо сохранившегося материала и костей, которые лишились коллагена химическим путем, а также некоторых костей, потерявших коллаген из-за микробного воздействия. Мы объясняем этот конгломерат различных типов сохранности как возможный результат смешения современного и ископаемого материала на поверхностных слоях Азох 2. Скелетный материал из плейстоценовых слоев Азох 1 в целом плохо сохранился. Содержание коллагена бедное, с большими изменениями в кристалличности структуры. Результаты гистологического исследования и анализа на пористость показывают, что во многих случаях кости лишились коллагена по причине химической деградации, хотя потеря коллагена, вызванная микробами, также может быть значительной, особенно в подразделениях II–III. Степень пористости костей оказалась ниже, чем ожидалось, учитывая показатели потери коллагена и микробного воздействия. Многие кости имеют обширную заполненность пор вторичными минералами. Содержание пор в среднеплейстоценовых горизонтах наиболее экстенсивное, и данный тип сохранности ранее не был описан в археологическом материале.

Обнаруженные уровни коллагена как показателя сохранности органического материала свидетельствуют о низком содержании древней ДНК (aDNA) в пещере; более того, сильно измененные минералы костей также оставляют мало надежд на сохранность aDNA.

Данное исследование представляет собой интересный пример сравнения двух методов измерения пористости. Оно показало, что поры диаметром ниже порога чувствительности метода HgIP, но исследованные с помощью NAIA (с диаметром пор меньше 0,1мкм), возникли по причине потери коллагена; они заполняются таким же образом, как и поры диаметром 0,01–0,1мкм.

This is a preview of subscription content, log in via an institution to check access.

Access this chapter

eBook
USD 16.99
Price excludes VAT (USA)
  • Available as EPUB and PDF
  • Read on any device
  • Instant download
  • Own it forever
Softcover Book
USD 54.99
Price excludes VAT (USA)
  • Compact, lightweight edition
  • Dispatched in 3 to 5 business days
  • Free shipping worldwide - see info
Hardcover Book
USD 54.99
Price excludes VAT (USA)
  • Durable hardcover edition
  • Dispatched in 3 to 5 business days
  • Free shipping worldwide - see info

Tax calculation will be finalised at checkout

Purchases are for personal use only

Institutional subscriptions

References

  • Appendix: Fernández-Jalvo, Y., Ditchfield, P., Grün, R., Lees, W., Aubert, M., Torres, T., et al. (2016). Dating methods applied to Azokh cave sites. In Y. Fernández-Jalvo, T. King, L. Yepiskoposyan & P. Andrews (Eds.), Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor (pp. 1–26). Dordrecht: Springer.

    Google Scholar 

  • Barrett, E. P., Joyner, L. G., & Halenda, P. P. (1951). The determination of pore volume and area distributions in porous substances. I. Computations from nitrogen isotherms. Journal of the American Chemical Society, 73, 373–380.

    Article  Google Scholar 

  • Bennett, E. A., Gorgé, O., Grange, T., Fernández-Jalvo, Y., & Geigl, E.-M. (2016). Coprolites, paleogenomics and bone content analysis. In Y. Fernández-Jalvo, T. King, L. Yepiskoposyan & P. Andrews (Eds.), Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor (pp. 271–286). Dordrecht: Springer.

    Google Scholar 

  • Bosch, P., Alemán, I., Moreno-Castilla, C., & Botella, M. (2011). Boiled versus unboiled: A study on Neolithic and contemporary human bones. Journal of Archaeological Science, 38, 2561–2570.

    Article  Google Scholar 

  • Brock, F., Higham, T., & Bronk Ramsey, C. (2010). Pre-screening techniques for identification of samples suitable for radiocarbon dating of poorly preserved bones. Journal of Archaeological Science, 37, 855–865.

    Article  Google Scholar 

  • Collins, M. J., Nielsen-Marsh, C. M., Hiller, J., Smith, C. I., Roberts, J. P., Prigodich, R. V., et al. (2002). The survival of organic matter in bone: A review. Archaeometry, 44, 383–394.

    Article  Google Scholar 

  • Colson, I., Bailey, J. F., Vercauteren, M., Sykes, B., & Hedges, R. E. M. (1997). The preservation of ancient DNA and bone diagenesis. Ancient Biomolecules, 1, 109–117.

    Google Scholar 

  • DeNiro, M. J. (1985). Postmortem preservation and alteration of in vivo bone collagen isotope ratios in relation to palaeodietary reconstruction. Nature, 317, 806–809.

    Article  Google Scholar 

  • Domínguez-Alonso, P., Aracil, E., Porres, J. A., Andrews, P., Lynch, E. P., & Murray, J. (2016). Geology and geomorphology of Azokh Caves. In Y. Fernández-Jalvo, T. King, L. Yepiskoposyan & P. Andrews (Eds.), Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor (pp. 55–84). Dordrecht: Springer.

    Google Scholar 

  • Fernández-Jalvo, Y., Andrews, P., Pesquero, D., Smith, C., Marin-Monfort, D., Sánchez, B., et al. (2010a). Early bone diagenesis in temperate environments Part I: Surface features and histology. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 288, 62–81.

    Article  Google Scholar 

  • Fernández-Jalvo, Y., King, T., Andrews, P., Yepiskoposyan, L., Moloney, N., Murray, J., et al. (2010b). The Azokh Cave complex: Middle Pleistocene to Holocene human occupation in the Caucasus. Journal of Human Evolution, 58, 103–109.

    Article  Google Scholar 

  • Fernández-Jalvo, Y., King, T., Yepiskoposyan, Y., & Andrews, P. (2016). Introduction: Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor. In Y. Fernández-Jalvo, T. King, L. Yepiskoposyan & P. Andrews (Eds.), Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor (pp. 1–26). Dordrecht: Springer.

    Google Scholar 

  • Geigl, E.-M. (2002). On the circumstances surrounding the preservation and analysis of very old DNA. Archaeometry, 44, 337–342.

    Article  Google Scholar 

  • Gilbert, M. T. P., Rudbeck, L., Willerslev, E., Hansen, A. J., Smith, C., Penkman, K., et al. (2005). Biochemical and physical correlates of DNA contamination in archaeological human bones and teeth excavated at Matera, Italy. Journal of Archaeological Science, 32, 785–793.

    Article  Google Scholar 

  • Götherström, A., Angerbjorn, A., Collins, M. J., & Liden, K. (2002). Bone preservation and DNA amplification. Archaeometry, 44, 395–404.

    Article  Google Scholar 

  • Gutierrez, M. A. (2001). Bone diagenesis and taphonomic history of the Paso Otero 1 Bone Bed, Pampas of Argentina. Journal of Archaeological Science, 28, 1277–1290.

    Article  Google Scholar 

  • Haynes, S., Searle, J. B., Bertman, A., & Dobney, K. M. (2002). Bone preservation and ancient DNA: The application of screening methods for predicting DNA. Journal of Archaeological Science, 29, 585–592.

    Article  Google Scholar 

  • Hedges, R. E. M. (2002). Bone diagenesis: An overview of processes. Archaeometry, 44, 319–328.

    Article  Google Scholar 

  • Hedges, R. E. M., & Millard, A. R. (1995). Bones and groundwater: Towards the modelling of diagenetic processes. Journal of Archaeological Science, 22, 155–164.

    Article  Google Scholar 

  • Hedges, R. E. M., Millard, A. R., & Pike, A. W. G. (1995). Measurements and relationships of diagenetic alteration of bone from three archaeological sites. Journal of Archaeological Science, 22, 201–209.

    Article  Google Scholar 

  • Jans, M. M. E., Nielsen-Marsh, C. M., Smith, C. I., Collins, M. J., & Kars, H. (2004). Characterisation of microbial attack on archaeological bone. Journal of Archaeological Science, 31, 87–95.

    Article  Google Scholar 

  • Joschek, S., Nies, B., Krotz, R., & Gopferich, A. (2000). Chemical and physico-chemical characterization of porous hydroxy-apatite ceramics made of natural bone. Biomaterials, 21, 1645–1658.

    Article  Google Scholar 

  • Kars, E. A. K., & Kars, H. (2002). The degradation of bone as an indicator in the deterioration of the European Archaeological Heritage – Final Report. (ISBN 90-5799-029-6).

    Google Scholar 

  • Kasimova, R. M. (2001). Anthropological research of Azykh Man osseous remains. Human Evolution, 16, 37–44.

    Article  Google Scholar 

  • King, T., Compton, T., Rosas, A., Andrews, P. Yepiskoyan, L., & Asryan, L. (2016). Azokh cave Hominin Remains. In Y. Fernández-Jalvo, T. King, L. Yepiskoposyan & P. Andrews (Eds.), Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor (pp. 103–106). Dordrecht: Springer.

    Google Scholar 

  • Marin-Monfort, M. D., Cáceres, I., Andrews, P., Pinto, A. C., & Fernández-Jalvo, Y. (2016). Taphonomy and site formation of Azokh 1. In Y. Fernández-Jalvo, T. King, L. Yepiskoposyan & P. Andrews (Eds.), Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor (pp. 211–249). Dordrecht: Springer.

    Google Scholar 

  • Millard, A. R. (2001). Deterioration of bone. In D. Brothwell & A. M. Pollard (Eds.), Handbook of archaeological sciences (pp. 633–643). Chichester: Wiley.

    Google Scholar 

  • Murray, J., Domínguez-Alonso, P., Fernández-Jalvo, Y., King, T., Lynch, E. P., Andrews, P., et al. (2010). Pleistocene to Holocene stratigraphy of Azokh 1 Cave, Lesser Caucasus. Irish Journal of Earth Sciences, 28, 75–91.

    Article  Google Scholar 

  • Murray, J., Lynch, E. P., Domínguez-Alonso, P., & Barham, M. (2016). Stratigraphy and sedimentology of Azokh Caves, South Caucasus. In Y. Fernández-Jalvo, T. King, L. Yepiskoposyan & P. Andrews (Eds.), Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor (pp. 27–54). Dordrecht: Springer.

    Google Scholar 

  • Nielsen-Marsh, C. M., & Hedges, R. E. M. (1999). Bone Porosity and the use of Mercury intrusion porosimetry in bone diagenesis studies. Archaeometry, 41, 165–174.

    Article  Google Scholar 

  • Nielsen-Marsh, C. M., Smith, C. I., Jans, M., Nord, A., Kars, H., & Collins, M. J. (2007). Bone diagenesis in the European Holocene II: Taphonomic and environmental considerations. Journal of Archaeological Science, 34, 1523–1531.

    Article  Google Scholar 

  • Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Braguier, S., Morel, N., et al. (2007). Freshly excavated fossil bones are best for amplification of ancient DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 104, 739–744.

    Article  Google Scholar 

  • Roberts, S. J., Smith, C. I., Millard, A. R., & Collins, M. J. (2002). The taphonomy of cooked bone: Characterising boiling and its physico-chemical effects. Archaeometry, 44, 485–494.

    Article  Google Scholar 

  • Robinson, S., Nicholson, R. A., Pollard, A. M., & O’Connor, T. P. (2003). An evaluation of nitrogen porosimetry as a technique for predicting taphonomic durability in animal bone. Journal of Archaeological Science, 30, 391–403.

    Article  Google Scholar 

  • Smith, C. I., Nielsen-Marsh, C. M., Jans, M. M. E., Arthur, P., Nord, A. G., & Collins, M. J. (2002). The Strange case of Apigliano: Early ‘Fossilisation’ of medieval bone in southern Italy. Archaeometry, 44, 405–415.

    Article  Google Scholar 

  • Smith, C. I., Nielsen-Marsh, C. M., Jans, M. M. E., & Collins, M. J. (2007). Bone diagenesis in the European Holocene I: Patterns and mechanisms. Journal of Archaeological Science, 34, 1485–1493.

    Article  Google Scholar 

  • Smith, C. I., Faraldos, M., & Fernández-Jalvo, Y. (2008). The precision of porosity measurements: Effects of sample pre-treatment on porosity measurements of modern and archaeological bone. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 266, 175–182.

    Article  Google Scholar 

  • Trueman, C. N., & Martill, D. M. (2002). The long-term survival of bone: The role of bioerosion. Archaeometry, 44, 371–382.

    Article  Google Scholar 

  • Trueman, C. N., & Tuross, N. (2002). Trace elements in recent and fossil bone apatite. Reviews in Mineralogy and Geochemistry, 48, 489–521.

    Article  Google Scholar 

  • Trueman, C. N. G., Behrensmeyer, A. K., Tuross, N., & Weiner, S. (2004). Mineralogical and compositional changes in bones exposed on soil surfaces in Amboseli National Park, Kenya: Diagenetic mechanisms and the role of sediment pore fluids. Journal of Archaeological Science, 31, 721–739.

    Article  Google Scholar 

  • Turner-Walker, G., Nielsen-Marsh, C. M., Syversen, U., Kars, H., & Collins, M. J. (2002). Sub-micron spongiform porosity is the major ultra-structural alteration occurring in archaeological bone. International Journal of Osteoarchaeology, 12, 407–414.

    Article  Google Scholar 

  • Tuross, N. (1993). The other molecules in ancient bone: Noncollagenous proteins and DNA. In J. B. Lambert & G. Grupe (Eds.), Prehistoric human bone: Archaeology at the molecular level (pp. 275–292). Dordrecht: Springer.

    Chapter  Google Scholar 

  • Weiner, S., & Bar-Yosef, O. (1990). States of preservation of bones from prehistoric sites in the Near-East: A survey. Journal of Archaeological Science, 17, 187–196.

    Article  Google Scholar 

Download references

Acknowledgements

This investigation was carried out as part of a Marie Curie Training Fellowship awarded to CS (Contract Number: HPMF-CT-2002-01605), and has benefited from funding from two research projects of the Spanish Ministry of Science (BTE2003-01552 and CGL2007-66231). Nitrogen adsorption isotherm analysis and mercury intrusion porosimetry, and FTIR analysis were carried out at the Unidad de Apoyo a la Investigación del Instituto de Catálisis y Petroleoquímica and C:N analyses were undertaken at the Facultad de Ciencias at the Universidad Autónoma de Madrid. Thanks to the technicians of the Electron Microscopy Unit of the Museo Nacional de Ciencias Naturales.

Author information

Authors and Affiliations

Authors

Corresponding author

Correspondence to Colin I. Smith .

Editor information

Editors and Affiliations

Rights and permissions

Reprints and permissions

Copyright information

© 2016 Springer Science+Business Media Dordrecht

About this chapter

Cite this chapter

Smith, C.I., Faraldos, M., Fernández-Jalvo, Y. (2016). Bone Diagenesis at Azokh Caves. In: Fernández-Jalvo, Y., King, T., Yepiskoposyan, L., Andrews, P. (eds) Azokh Cave and the Transcaucasian Corridor. Vertebrate Paleobiology and Paleoanthropology. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-319-24924-7_11

Download citation

Publish with us

Policies and ethics