Vorhersage von Transmembran-Helices per Hidden-Markov-Modell

Zusammenfassung

In Kapitel 10 auf Seite 185 zur Vorhersage von Protein-Sekundärstruktur war erkennbar, dass die Vorhersagequalität nicht ausreichend war. Ein Problem mag darin liegen, dass der betrachtete Sequenzkontext zu klein war; man denke hier an die Vorhersage von β-Strängen, die ja meist erst im β-Faltblatt oder anderen weitreicherenden Wechselwirkungen stabilisiert werden. Hier müsste man also per menschlicher Intelligenz kompliziertere Regeln aufstellen oder man benutzt entsprechende informationstechnische Modelle, die solche Regeln selbst „lernen“. In diesem Kapitel soll ein solches System anhand der Vorhersage von Transmembran-Helices mit Hilfe eines „Hidden-Markov-Modells“ (HMM) vorgestellt werden; im nächsten Kapitel wird die Vorhersage von Protein-Sekundärstruktur mit Hilfe eines „Neuronalen Netzes“ gezeigt.