Zusammenfassung
Ob nun für die Sequenzierung oder aber für die Amplifizierung bestimmter Bereiche einer DNA-Sequenz — mit dem richtigen Entwerfen der Oligonukleotid-Primer steht und fällt das Ergebnis. Man unterscheidet bei dem Primer-Design zwischen exakten Primern und degenerierten Primern. Für die Sequenzierung oder Amplifizierung von DNA, deren Anfangsbereich schon bekannt ist, verwendet man exakte Primer, die mit der zu amplifiezierenden Sequenz komplett identisch sind. Degenerierte Primer werden dann eingesetzt, wenn man die zu amplifizierende DNA nicht kennt und ihre Sequenz nur aus einem multiplen Alignment bekannter homologer Sequenzen ableiten kann.
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Die Schmelztemperatur (Tm-Wert) bezeichnet die Temperatur, bei welcher 50 % der Primer an die Ziel-DNA gebunden worden sind.
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Hansen, A. (2004). Primerdesign. In: Bioinformatik. Birkhäuser, Basel. https://doi.org/10.1007/978-3-0348-7855-5_9
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Publisher Name: Birkhäuser, Basel
Print ISBN: 978-3-7643-6253-9
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