Zusammenfassung
Heuristische Verfahren sind eine Annäherung an die genaue Berechnung von Sequenzalignments mit dem Smith & Waterman oder dem Needleman & Wunsch Algorithmus. Sie ermöglichen es, auch innerhalb kurzer Zeit ganze Datenbanken nach ähnlichen Sequenzen zu durchsuchen. Zu den am häufigsten verwendeten Verfahren gehören Fasta und Blast.
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Notes
Massenspektrometrie zur Sequenzierung von Proteinen
The Statistics of Sequence Similarity Scores, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-l.html
http://www.ncbi. nlm.nih.gov/blast/megablast.shtml
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/discontiguous.shtml
Eine Hash-Tabelle ist eine spezielle Speicherungsform für Daten. Auf die Daten in einer Hash-Tabelle kann sehr schnell über eine Hash-Funktion zugegriffen werden.
http://www.soe.ucsc.edu/~kent/
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Hansen, A. (2004). Heuristische Methoden zum Sequenzvergleich. In: Bioinformatik. Birkhäuser, Basel. https://doi.org/10.1007/978-3-0348-7855-5_5
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DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-0348-7855-5_5
Publisher Name: Birkhäuser, Basel
Print ISBN: 978-3-7643-6253-9
Online ISBN: 978-3-0348-7855-5
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