Alignement multiple

Abstrait

Le but de la comparaison de séquences protéiques est de découvrir des similitudes «biologiques» (i.e. structurelles ou fonctionnelles) parmi les protéines. Des protéines biologiquement similaires peuvent ne pas exhiber une forte similitude de séquences et l’on aimerait reconnaître la ressemblance structurelle/fonctionnelle, même lorsque les séquences sont très différentes. Si la similitude de séquences est faible, l’alignement par paires peut ne pas identifier des séquences apparentées biologiquement, car de faibles similitudes au niveau des paires peuvent faire échouer les tests statistiques. La comparaison simultanée de nombreuses séquences permet souvent de trouver des similitudes invisibles dans la comparaison de séquences par paires. Pour citer Hubbard et al., 1996 [170] «l’alignement par paires chuchote... l’alignement multiple crie».