Zusammenfassung
Dieses Buch beschäftigt sich mit Programmen, die multiple Sequenzalignments (MSAs) erzeugen. Diese Programmklasse ist wahrscheinlich die am meisten genutzte und vielfältigste Programmklasse der Bioinformatik. In den letzten 30 Jahren wurden unzählige Programme und Ansätze entwickelt, um MSAs aus Protein- und DNA-Sequenzen zu erzeugen. Diese Programme belegen üblicherweise die ersten Kapitel der einschlägigen Bioinformatik-Lehrbücher und die ersten Stunden der meisten einführenden Vorlesungen. Dennoch verwenden Biologinnen und Biologen recht wenig Gehirnschmalz auf die Frage, welches der vielen verschiedenen Programme das optimale für das uns im Moment vorliegende Problem ist; wir benutzen einfach das eine Tool, das wir immer schon genutzt haben.
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References
Baum BR (1989) PHYLIP: phylogeny inference package. version 3.2. Joel Felsenstein. Q Rev Biol 64(4):539–541
Cornish-Bowden A (1985) Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences: recommendations 1984. Nucleic Acids Res 13(9):3021–3030
D’haeseleer P (2006) What are DNA sequence motifs? Nat Biotechnol 24(4):423–425
Freese NH, Norris DC, Loraine AE (2016) Integrated genome browser: visual analytics platform for genomics. Bioinformatics 32(14):2089–2095
Gouy M, Guindon S, Gascuel O (2009) SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building. Mol Biol Evol 27(2): 221–224
Haubold B (2013) Alignment-free phylogenetics and population genetics. Brief Bioinform 15(3):407–418
Kawashima S, Pokarowski P, Pokarowska M, Kolinski A, Katayama T, Kanehisa M (2007) AAindex: amino acid index databaseprogress report 2008. Nucleic Acids Res 36(Database):D202–D205
Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007) Clustal W and clustal X version 2.0. Bioinformatics 23(21):2947–2948
Larsson A (2014) AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets. Bioinformatics 30(22):3276–3278
Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (1997) Nexus: an extensible file format for systematic information. Syst Biol 46(4):590–621
Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M (2012) Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics 28(8):1166–1167
Pearson WR, Lipman DJ (1988) Improved tools for biological sequence comparison. Proc Natl Acad Sci 85(8):2444–2448
Qian L, Kussell E (2016) Genome-wide motif statistics are shaped by DNA binding proteins over evolutionary time scales. Phys Rev X 6(4):041009. https://doi.org/10.1103/PhysRevX.6.041009
Touzain F, Petit M-A, Schbath S, Meriem El Karoui (2011) DNA motifs that sculpt the bacterial chromosome. Nat Rev Microbiol 9(1):15–26
Trifonov EN, Frenkel ZM (2009) Evolution of protein modularity. Curr Opin Struct Biol 19(3):335–340
Vinga S, Almeida J (2003) Alignment-free sequence comparison – a review. Bioinformatics 19(4):513–523
Waterhouse AM, Procter JB, Martin DMA, Clamp M, Barton GJ (2009) Jalview version 2–a multiple sequence alignment editor and analysis workbench. Bioinformatics 25(9): 1189–1191
Zielezinski A, Vinga S, Almeida J, Karlowski WM (2017) Alignment-free sequence comparison: benefits applications and tools. Genome Biol 18(1):186
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Sperlea, T. (2019). Multiple Sequenzalignments: eine Einführung. In: Multiple Sequenzalignments. Springer Spektrum, Berlin, Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-662-58811-6_1
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