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Multiple Sequenzalignments

Welches Programm passt zu meinen Daten?

  • Theodor Sperlea
Textbook

Table of contents

  1. Front Matter
    Pages I-XII
  2. Hintergründe

    1. Front Matter
      Pages 1-1
    2. Theodor Sperlea
      Pages 17-36
    3. Theodor Sperlea
      Pages 37-54
  3. Welcher MSA-Algorithmus ist passend für mich?

    1. Front Matter
      Pages 55-55
    2. Theodor Sperlea
      Pages 57-72
    3. Theodor Sperlea
      Pages 73-88
  4. Back Matter
    Pages 89-104

About this book

Introduction

Dieses Buch ist ein praktischer Ratgeber für Biologinnen und Biologen, die Multiple Sequenzalignments (MSAs) für ihre Datenanalysen verwenden und einen verständlichen Überblick über die vielen verschiedenen Programme suchen. Trotz ihres wichtigen Stellenwertes in der Datenanalyse herrscht Unsicherheit unter den Forschenden wie MSA-Programme genau funktionieren - ganz zu schweigen davon, wie und warum die unterschiedlichen Analysen zu verschiedenen Ergebnissen führen. Welches Programm ist für die Auswertung meiner Daten das richtige und wie kann ich sicherstellen, alle relevanten Erkenntnisse aus den Alignments gezogen zu haben? Dieses Buch bietet hilfreiche Erklärungen und Hintergründe ohne große bioinformatische Vorkenntnisse vorauszusetzen und führt die Leserinnen und Leser langsam in die Thematik ein.
Im ersten Teil des Buches werden die möglichen Einsatzfelder wie auch die Formate, die üblicherweise von MSA-Programmen produziert werden, im Detail beschrieben. Ebenso werden auf unkomplizierte Weise die zentralen Algorithmen sowie die inneren Abläufe der gängigsten MSA-Programme der Vergangenheit und der Gegenwart in größerer Detailtiefe erklärt. Den zweiten Teil des Buches bildet ein ausführlicher datenbasierter Vergleich zwischen MSA-Programmen, der als Entscheidungshilfe für die Programmauswahl für dein nächstes Alignment dienen soll. 

Der Autor
Theodor Sperlea studierte in Marburg Biologie und Molecular and Cellular Biology mit einem Schwerpunkt in Mikrobiologie und Genetik. Früh im Studium hatte er erste Kontaktmöglichkeiten mit MSAs als Werkzeug zur Untersuchung von evolutionären Verhältnissen zwischen Genen verschiedener Organismen. Durch seine Promotion, in der er die Ökologie von Mikroorganismen in Seen mit statistischen und bioinformatischen Methoden untersucht hat, konnte er sich einen tieferen Einblick in die informatische Seite und somit die Funktionsweise von MSA-Programmen erarbeiten.

Keywords

Bioinformatik Sequencealignments Suchalgorithmen Algorithmen MAFFT MUSCLE CLUSTAL CLUSTALW pairwise alignment multiple alignments BLAST multiple sequence alignments

Authors and affiliations

  • Theodor Sperlea
    • 1
  1. 1.MarburgGermany

Bibliographic information

Industry Sectors
Pharma
Biotechnology