Table 3 The duplicate mode and estimation of absolute date for large-scale duplication events for PbrbHLHs

From: Genome-wide identification of PbrbHLH family genes, and expression analysis in response to drought and cold stresses in pear (Pyrus bretschneideri)

Colinearity gene pairs Duplication type Method Ka Ks Ka/Ks MYA P-Value (Fisher)
Gene1 Gene2 Gene1 Gene2
PbrbHLH6 PbrbHLH14 WGD WGD NG 0.14 0.29 0.47 97.86 0.000549
PbrbHLH10 PbrbHLH135 WGD WGD NG 0.04 0.13 0.30 44.85 6.55E-08
PbrbHLH20 PbrbHLH103 WGD WGD NG 0.08 0.21 0.38 70.19 1.28E-06
PbrbHLH21 PbrbHLH22 WGD WGD NG NA NA NA NA NA
PbrbHLH24 PbrbHLH28 WGD WGD NG 0.06 0.16 0.39 53.45 1.34E-08
PbrbHLH25 PbrbHLH145 WGD WGD NG NA 0.01 0.00 2.39 NA
PbrbHLH29 PbrbHLH72 WGD WGD NG 0.59 2.37 0.25 790.30 9.99E-18
PbrbHLH29 PbrbHLH88 WGD WGD NG 0.06 0.22 0.28 73.35 5.03E-14
PbrbHLH30 PbrbHLH138 WGD WGD NG 0.07 0.16 0.46 53.44 0.0025151
PbrbHLH38 PbrbHLH112 WGD proximal NG 0.08 0.25 0.31 82.40 6.76E-11
PbrbHLH40 PbrbHLH15 WGD WGD NG 0.25 1.73 0.15 577.13 1.60E-33
PbrbHLH40 PbrbHLH111 WGD WGD NG 0.03 0.20 0.13 67.82 1.39E-13
PbrbHLH42 PbrbHLH48 WGD WGD NG 0.09 0.24 0.35 80.89 4.09E-06
PbrbHLH44 PbrbHLH46 WGD WGD NG 0.03 0.16 0.18 53.81 2.18E-15
PbrbHLH49 PbrbHLH114 WGD WGD NG 0.07 0.16 0.41 54.11 2.60E-08
PbrbHLH53 PbrbHLH186 WGD WGD NG 0.01 0.01 0.59 3.39 0.416491
PbrbHLH61 PbrbHLH47 WGD WGD NG 0.09 0.17 0.50 57.55 0.000638
PbrbHLH61 PbrbHLH142 WGD WGD NG 0.09 0.17 0.52 57.55 0.0010697
PbrbHLH68 PbrbHLH130 WGD WGD NG 0.03 0.11 0.30 37.23 3.36E-05
PbrbHLH69 PbrbHLH190 WGD WGD NG 0.07 0.15 0.47 49.46 3.18E-05
PbrbHLH70 PbrbHLH4 WGD WGD NG 0.06 0.20 0.30 66.52 2.02E-06
PbrbHLH71 PbrbHLH63 WGD WGD NG 0.01 0.04 0.38 13.25 0.0088433
PbrbHLH72 PbrbHLH94 WGD WGD NG 0.20 0.40 0.50 131.94 8.95E-06
PbrbHLH73 PbrbHLH76 WGD proximal NG NA NA NA NA NA
PbrbHLH74 PbrbHLH75 proximal WGD NG NA NA NA NA NA
PbrbHLH74 PbrbHLH179 proximal WGD NG 0.05 0.32 0.17 105.65 2.57E-15
PbrbHLH75 PbrbHLH179 WGD WGD NG 0.05 0.32 0.17 105.65 2.57E-15
PbrbHLH81 PbrbHLH47 WGD WGD NG 0.09 0.18 0.49 60.41 0.000206
PbrbHLH81 PbrbHLH61 WGD WGD NG 0.00 0.01 0.24 4.66 0.0623594
PbrbHLH81 PbrbHLH142 WGD WGD NG 0.09 0.18 0.50 60.41 0.0003516
PbrbHLH83 PbrbHLH151 WGD WGD NG 0.33 2.81 0.12 938.19 4.15E-23
PbrbHLH86 PbrbHLH93 WGD WGD NG 0.05 0.11 0.50 35.10 0.007392
PbrbHLH90 PbrbHLH123 WGD WGD NG 0.03 0.13 0.21 43.84 7.79E-10
PbrbHLH91 PbrbHLH194 WGD WGD NG 0.19 0.37 0.51 123.02 0.0001704
PbrbHLH97 PbrbHLH98 tandem tandem NG NA NA NA NA NA
PbrbHLH100 PbrbHLH5 WGD WGD NG 0.05 0.17 0.28 56.22 1.41E-08
PbrbHLH104 PbrbHLH45 WGD WGD NG 0.07 0.10 0.70 32.29 0.185088
PbrbHLH104 PbrbHLH122 WGD WGD NG 0.00 NA NA NA NA
PbrbHLH110 PbrbHLH152 WGD WGD NG 0.01 0.01 1.78 2.63 0.722276
PbrbHLH115 PbrbHLH24 WGD WGD NG NA 0.00 0.00 1.38 NA
PbrbHLH115 PbrbHLH28 WGD WGD NG 0.06 0.16 0.39 53.45 1.34E-08
PbrbHLH121 PbrbHLH46 WGD WGD NG 0.03 0.16 0.18 53.81 2.18E-15
PbrbHLH122 PbrbHLH45 WGD WGD NG 0.07 0.10 0.69 32.39 0.140337
PbrbHLH129 PbrbHLH58 WGD WGD NG 0.03 0.22 0.11 74.60 6.27E-17
PbrbHLH132 PbrbHLH82 WGD WGD NG 0.10 0.23 0.43 75.83 0.0033683
PbrbHLH133 PbrbHLH37 WGD WGD NG 0.07 0.17 0.39 57.16 2.79E-06
PbrbHLH134 PbrbHLH59 WGD WGD NG 0.08 0.19 0.45 61.87 0.0024985
PbrbHLH134 PbrbHLH170 WGD WGD NG 0.44 1.98 0.22 661.66 2.55E-15
PbrbHLH136 PbrbHLH29 WGD WGD NG 0.36 1.49 0.24 497.24 6.84E-23
PbrbHLH136 PbrbHLH72 WGD WGD NG 0.52 1.81 0.29 603.96 1.79E-15
PbrbHLH142 PbrbHLH47 WGD WGD NG 0.00 0.01 0.16 4.40 0.0337635
PbrbHLH143 PbrbHLH131 WGD WGD NG 0.07 0.14 0.49 47.75 0.0087228
PbrbHLH146 PbrbHLH31 WGD WGD NG 0.04 0.22 0.18 73.41 5.22E-17
PbrbHLH151 PbrbHLH109 WGD WGD NG 0.05 0.15 0.32 48.85 0.0001836
PbrbHLH151 PbrbHLH174 WGD WGD NG 0.00 0.02 0.07 8.22 0.0100508
PbrbHLH153 PbrbHLH54 WGD WGD NG 0.16 0.21 0.73 71.01 0.0116334
PbrbHLH155 PbrbHLH150 WGD WGD NG 0.24 0.75 0.32 249.03 9.36E-21
PbrbHLH157 PbrbHLH149 WGD WGD NG 0.06 0.17 0.37 55.19 5.61E-10
PbrbHLH170 PbrbHLH89 WGD WGD NG 0.06 0.20 0.30 66.11 4.02E-06
PbrbHLH171 PbrbHLH53 WGD WGD NG 0.32 1.62 0.20 541.67 9.61E-24
PbrbHLH174 PbrbHLH109 WGD WGD NG 0.04 0.13 0.34 43.89 0.0005669
PbrbHLH177 PbrbHLH26 WGD WGD NG 0.34 2.62 0.13 874.92 4.32E-31
PbrbHLH178 PbrbHLH147 WGD WGD NG 0.01 0.00 1.40 1.42 0.772501
PbrbHLH196 PbrbHLH168 WGD WGD NG 0.06 0.10 0.59 31.88 0.0536712
PbrbHLH197 PbrbHLH169 WGD WGD NG 0.01 0.02 0.37 7.33 0.0941955