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Methodensammlung der Bund/Länder-AG Gentechnik (LAG)

Molekularbiologische Identifizierung von Pilzen mittels ITS-PCR und nachfolgender Sequenzierung
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Status: verabschiedet

Zweck und Anwendungsbereich

Diese Methode beschreibt ein Verfahren zur Analyse der Nukleotidsequenz des 5,8S rRNA-Gens und der benachbarten ITS (Internal Transcribed Spacer)-DNA-Sequenz für die Gattungs- und Speziesidentifizierung bei Pilzen (White et al. 1990). Durch Vergleich der ermittelten ITS-Sequenz und der 5,8S rRNA-Gensequenz eines zu identifizierenden Pilzstammes werden Sequenzähnlichkeiten bestimmt, die als Grundlage für eine Zuordnung zu einer taxonomischen Gruppe herangezogen werden.

Die Nukleotidsequenz dieser Region beträgt etwa 500–600 Basenpaare (bp). Neben hoch konservierten Bereichen, in denen die Sequenz für alle Pilze identisch ist, kommen über den Bereich des 5,8S rRNA-Gens und der benachbarten ITS-Region verteilt auch variable bis hochvariable Bereiche vor, die als Signatursequenzen für eine Spezies, Gattung oder Gruppe von Pilzen charakteristisch sein können. Die Analyse dieser Teilsequenzen ermöglicht eine taxonomische Zuordnung von...

Literatur

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Copyright information

© Bundesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL) 2012

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