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Monatshefte für Chemie / Chemical Monthly

, Volume 130, Issue 11, pp 1347–1363 | Cite as

Molecular Calculations on the Conformation of the HIV-1 Reverse Transcriptase Inhibitor 1-((2-Hydroxyethoxy)methyl)-6-(phenylthio)thymine (HEPT)

  • Luckhana Lawtrakul
  • Supa Hannongbua
  • Anton Beyer
  • Peter Wolschann
Article

Summary.

 1-((2-Hydroxyethoxy)methyl)-6-(phenylthio)thymine (HEPT) is an effective inhibitor of HIV-1 reverse transcriptase. Its conformations were analyzed by molecular calculations in order to gain some information about the energetical minima and the rotational barrier around the carbon-sulfur single bond. The calculated structures were compared to the results of X-ray investigations on HEPT associated with HIV-1 reverse transcriptase. The NMR spectra of HEPT were calculated to obtain information about its structure in solution. The conformation of the molecules in the complex was analyzed with respect to the intermolecular interactions between the inhibitor and the surrounding protein which determines the geometry of the inhibition complex. Docking simulations were performed to rationalize the experimentally estimated structure of HEPT in the complex.

Keywords. Non-nucleoside HIV-1 reverse transcriptase inhibitors; HEPT; Molecular calculations; ab initio Calculations; Density functional theory; Docking experiments. 

Molekülrechnungen zur Konformation des HIV-1 Reverse Transcriptase-Inhibitors1-((2-Hydroxyethoxy)-methyl)-6-(phenylthio)thymin (HEPT)

Zusammenfassung.

 Die Konformationen des HIV-1 Reverse Transcriptase-Inhibitors 1-((2-Hydroxyethoxy)-methyl)-6-(phenylthio)thymin (HEPT) wurden mit Hilfe von Molekülrechnungen bestimmt, um Informationen über Energieminima und die Rotationsbarriere der Kohlenstoff-Schwefel-Einfachbindung zu erhalten. Die Ergebnisse wurden mit der Kristallstruktur der Substanz im Komplex mit HIV-1 Reverse Transcriptase verglichen. Die NMR-Spektren von HEPT wurden berechnet, um Information über seine Konformation in Lösung zu erhalten. Die Struktur von HEPT im Komplex wurde in Hinblick auf die intermolekularen Kräfte, die die Geometrie des Komplexes bestimmen, analysiert. Zum Zweck der Erklärung der Struktur der Verbindung im Komplex wurden Docking-Experimente durchgeführt.

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Copyright information

© Springer-Verlag/Wien 1999

Authors and Affiliations

  • Luckhana Lawtrakul
    • 1
  • Supa Hannongbua
    • 2
  • Anton Beyer
    • 3
  • Peter Wolschann
    • 1
  1. 1. Institut für Theoretische Chemie und Strahlenchemie der Universität Wien, A-1090 Vienna, AustriaAT
  2. 2. Department of Chemistry, Faculty of Science, Kasetsart University, Bangkok 10900, ThailandTH
  3. 3. Research Institute of Molecular Pathology, A-1030 Vienna, AustriaAT

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